许多顶置式搅拌器安装在开口的池罐上，因此不需要考虑密封问题。即使是安装于闭口的池罐上，也不需要采用防水密封设计。但是，对于侧置式搅拌器来说，防水密封设计对防止浆液泄漏和传动轴承的损坏就相当重要。这种密封既可采用水密封填料箱，也可以采用机械密封，由于大多数电厂脱硫系统，电厂脱硫工艺中供应商通常采用机械密封以减少对工艺水的需求，因此本节只讨论机械密封问题。
侧置式搅拌器的密封面通常采用碳化硅材料，湿金属部件则采用C-276合金或类似的抗腐蚀合金制造。FGD系统运行中，对这种侧置式搅拌器的一个重要要求。
可以在池罐装满浆液时仍能对密封部件进行检修。检修时只需将轴拉出一小段即可方便地更换密封。采用这种设计，除了内轴和叶轮外，侧置式搅拌器的其他部件都能在池罐中存在浆液的条件下检修或更换。
